节能球磨机的常用配置方案主要有两种。一种是节能球磨机中心线平行配置，另一种是中心线垂直配置。而节能球磨机可分跨配置，也可集中在同一跨间。
中心线平行配置的特点是节能球磨机中心线平行于粉矿仓，一二段磨矿机机组保持在2m左右的高度差区间，磨矿产品可以自流。那么显而易见的是，这样做的后果是设备集中，起重机利用率高。但节能球磨机跨度大，厂房空间利用率较低。而中心线垂直配置要求粉矿仓中心线垂直于节能球磨机中心线，主矿可自流，生产作业线短，操作平台整齐美观，便于操作管理，磨矿设备集中，起重机利用率高，一般见于大型选矿厂的应用中。我们一般将节能球磨机中心线垂直于粉矿仓中心线，节能球磨机集中于一个跨间，三台磨矿机（一台棒磨机、两台节能球磨机）自成一个机组。
其次，将节能球磨机的排矿输送给分级机的给矿口，分级机的返砂又返回节能球磨机构成闭路。分级机的溢流通过砂泵扬入与另一台节能球磨机构成闭路的旋流器，旋流器溢流为最终产物，再送入浮选机浮选。这样做大大减少了机组的占地面积，为其日后的维护工作带来了方便。
无论采用哪种配置方案，节能球磨机的跨间配置应尽量采用垂直同一跨间的方案。这样做可以使节能球磨机的磨矿跨与浮选跨相适应，且可有效处理节能球磨机磨矿与分级机设备之间物料输送的相关难题。